Il regime della condizionalità prevede il rispetto degli obblighi relativi alla rintracciabilità e al cosiddetto "pacchetto igiene".

Per la  rintracciabilità le aziende agricole devono essere in grado di:

1. documentare chi abbia fornito loro un alimento, un mangime, un animale destinato alla produzione alimentare o qualsiasi sostanza destinata o atta a entrare a far parte di un alimento o di un mangime;
2. individuare le imprese alle quali hanno fornito i propri prodotti;
3. mettere in atto sistemi e procedure che consentano di mettere a disposizione delle autorità competenti, che le richiedano, le informazioni al riguardo.

L'azienda deve dimostrare di avere un proprio "sistema" ordinato e/o strutturato, in grado di consentirle di fornire le informazioni richieste dalla rintracciabilità. Il sistema è libero e definito dall'operatore in funzione della complessità della sua azienda.

Ai fini del rispetto del pacchetto igiene, le aziende agricole sono tenute a:

• stoccare le sostanze pericolose in locali chiusi e isolati accessibili solo agli addetti e/o spazi dedicati. Tali spazi devono essere ben identificati ossia riconoscibili anche mediante apposita cartellonistica e separati dagli ambienti destinati allo stoccaggio degli alimenti e/o mangimi;
• stoccare i rifiuti in spazi dedicati, separati dagli ambienti destinati allo stoccaggio degli alimenti e/o mangimi;
• tenere un registro dei trattamenti fitosanitari;
• attivare e documentare gli interventi correttivi, in caso di non conformità riscontrate dalle autorità competenti in materia di igiene degli alimenti e dei mangimi (Asl);
• conservare almeno la documentazione inerente gli esiti dei controlli diagnostici e/o analitici con esito non conforme che abbiano una rilevanza per la salute umana.

Inoltre, tutte le aziende zootecniche devono:

• immagazzinare e manipolare i mangimi medicati separatamente da quelli non medicati. I mangimi medicati devono essere ben distinguibili ed etichettati;
• accertarsi che il fornitore di mangimi e/o foraggi sia riconosciuto e/o registrato ai sensi del Reg. CE 183/2005. L’agricoltore può acquisire tali informazioni tramite la consultazione degli elenchi regionali o a mezzo di lettere di garanzia prodotte dal fornitore;

•  

  - acquisire, se necessario, la certificazione sanitaria degli animali introdotti in allevamento;

  - possedere il registro dei trattamenti veterinari, negli allevamenti dove sono detenuti ed utilizzati medicinali veterinari;

  - aggiornare il registro dei trattamenti veterinari. Tale registro deve essere vidimato dalle ASL e la registrazione dei trattamenti deve essere effettuata dall’allevatore entro 24 h dall'inizio e 24h dal termine del trattamento;

  - gestire correttamente l’utilizzo dei medicinali veterinari e non utilizzare le sostanze vietate, o non autorizzate;

  - commercializzare soltanto:

  1. animali ai quali non siano stati somministrati sostanze o prodotti non autorizzati, ovvero che non siano stati oggetto di un trattamento illecito;
  2. animali per i quali, in caso di somministrazione di sostanze o prodotti autorizzati, sia stato rispettato il periodo di sospensione prescritto;
  3. i prodotti provenienti dagli animali dei punti 1 e 3