Il termine per la chiusura del procedimento amministrativo dei Pua, precedentemente fissato per il 30 aprile, è stato prorogato al 31 luglio 2009, con il decreto n. 4087 del 27 aprile 2009 "Modifica del decreto n. 15335 del 18 dicembre 2008 relativo alla presentazione della comunicazione per l'utilizzazione agronomica" (pubblicato sul Burl n. 18, Serie Ordinaria, del 4 maggio 2009).

Le istituzioni regionali e il Governo nazionale sono nel frattempo impegnati per la modifica dell'intero "corpus" normativo interessando la direttiva stessa, a quasi vent'anni dalla sua emanazione. Per quanto riguarda la normativa nazionale è in corso un'importante revisione del decreto ministeriale 7 aprile 2006, consentendo negli auspici una diversa classificazione del digestato proveniente da impianti di digestione anaerobica degli effluenti di allevamento. In particolare, è in esame la possibilità di assimilare il digestato ai concimi azotati ai fini dell'utilizzazione agronomica, consentendo di fatto una sua utilizzazione nei limiti di 340 kg N/ha/anno anche in zona vulnerabile. E' scientificamente provata infatti la stabilizzazione del refluo a seguito del processo di digestione, poiché l'azoto è convertito nella sua forma ammoniacale, maggiormente disponibile per le colture.

Il governo, tramite il ministro delle Politiche agricole, ha confermato l'impegno per l'elaborazione di un piano strategico nazionale sui nitrati che consenta di sostenere l'adeguamento delle aziende alla direttiva nitrati, insieme ad uno sforzo congiunto con le Regioni per le necessarie modifiche normative. Su questi obiettivi il ministro Zaia, su sollecitazione dell'assessore regionale all'Agricoltura, Luca Daniel Ferrazzi, ha confermato con una nota dello scorso marzo,  l'impegno del Governo nell'elaborazione di un piano strategico nazionale sui nitrati per sostenere l'adeguamento delle aziende alla direttiva nitrati e ad accompagnare l'impegno delle regioni nell'applicazione della normativa. Il Mipaaf ha assicurato inoltre un sostegno finanziario per lo stanziamento di risorse aggiuntive da destinare allo scopo, introducendo, ad esempio, opportuni correttivi al Programma FAS Agricoltura che dovrebbe essere approvato definitivamente dal Cipe. 

A livello comunitario sta per avviarsi concretamente l'iter per la concessione della deroga sui parametri annuali azoto per ettaro, sostenuta scientificamente dal lavoro compiuto dal Crpa (Centro Ricerche Produzioni Animali di Reggio Emilia) di Reggio Emilia.

Per quanto riguarda la proposta di deroga al limite di 170 kgN/ha/anno è stato recentemente predisposto dal  Crpa un documento di indirizzo con il quale le cinque regioni del bacino padano-veneto, tramite l'interlocuzione del ministero dell'Ambiente, intendono richiedere alla Commissione Europea la deroga al limite di spandimento dei reflui zootecnici. Gli Stati membri, infatti, possono stabilire quantitativi diversi da quelli indicati dalla direttiva purché siano fissati in maniera tale da non compromettere il raggiungimento degli obiettivi di qualità e tutela dei corpi idrici e siano giustificati in base a criteri obiettivi; in particolare: 

• Stagione di crescita prolungata: almeno 6 mesi con significative asportazioni di azoto; 

• Coincidenza della stagione di crescita con il periodo di mineralizzazione intensa della sostanza organica (crescita "efficace"): almeno 5 mesi di sovrapposizione; 

• Colture con elevati assorbimenti di azoto: almeno 225 kg N/ha; 

• Colture con elevata efficienza d'uso dell'azoto: rapporto tra azoto totale assorbito e azoto totale "offerto" maggiore di 0,6. 

La proposta di deroga che verrà presentata alla Commissione, secondo il documento di indirizzo fornito al ministero dal Crpa, seguirà con ogni probabilità l'impostazione di quella già concessa alla regione delle Fiandre (Belgio), prevedendo un limite innalzato a 250 kgN/ha/anno a fronte della garanzia del rispetto di determinati vincoli nella gestione dei reflui e nell'ordinamento colturale per almeno il 70% della Sau. Per i liquami suini, in particolare, si richiederebbe un trattamento fisico-meccanico di separazione ad alta efficienza (segregazione nella frazione solida di almeno il 25% dell'azoto totale, il 60% del fosforo totale ed il 75% dei solidi sospesi) che consenta di esportare dalle zone vulnerabili la frazione solida separata o di destinarla alla produzione di fertilizzanti o alla conversione energetica; la frazione liquida chiarificata e i liquami bovini (solo in prearatura e in presemina se distribuiti tal quali; in qualsiasi periodo se soggetti a separazione ad efficienza medio-alta) potrebbero essere quindi utilizzati a fini agronomici fino al limite di 250 kgN/ha/anno a patto di garantire una copertura del suolo pressoché costante (prato con prevalenza di graminacee e seminativo con doppia coltura di un cereale e di un'erbacea come ipotesi principali) e una distribuzione frazionata ad alta efficienza. E' ancora in fase di valutazione la possibilità di richiedere una deroga in caso di monocoltura di mais, in quanto le condizioni vincolanti potrebbero essere molto stringenti (asportazione finale dell'intera pianta; stoccaggi minimi di 8 mesi; elevata efficienza di distribuzione esclusivamente in presemina e copertura). Sebbene sia ancora in fase di valutazione la proposta di richiedere una deroga per singolo appezzamento o per azienda, le tipologie aziendali considerate candidabili alla deroga risulterebbero, attualmente, quelle che dispongono in misura significativa di terreno agrario in diritto d'uso (proprietà, affitto), sul quale si ha piena facoltà di scelta dell'ordinamento colturale; ciò porterebbe ad escludere alcune tipologie aziendali che, pur avendo grande rilevanza nel bacino padano-veneto, ricorrono prevalentemente per la gestione degli effluenti a terreni in concessione resi disponibili da terzi: verrebbero esclusi dalla possibilità di chiedere la deroga, quindi, gli allevamenti avicoli e gli allevamento di vitelli a carne bianca. Sono state inserite come candidabili alla deroga anche le aziende orticole, in quanto in alcune Regioni tali aziende fanno largo ricorso per la concimazione a sostanza organica di origine zootecnica, sia per i buoni risultati produttivi, sia per l'esigenza di mantenere un buon livello di sostanza organica nel suolo.

E' inoltre in discussione a livello regionale la revisione della designazione delle zone vulnerabili, a quattro anni dalla Dgr n. 3297 dell'11 ottobre 2006 che fissa le attuali delimitazioni territoriali.

Un altro tema su cui è in corso una verifica è la modifica delle disposizioni sulle modalità di spandimento invernale di liquami e letame che penalizza in maniera significativa la gestione aziendale.